1995年の阪神・淡路大震災を契機に日本でもNPOの役割が注目され、「NPO研究フォーラム」などの小規模な研究ネットワークが組織されるとともに、NPO法制定に向けた準備が、研究者、実務家、各政党によって進められました。こうしたなかで、NPOに関する本格的な全国学会を創設しようという機運が盛り上がり、1999年3月に、「NPO、NGO、ボランティア、フィランソロピーなど、民間非営利活動に関する研究および活動成果の発表と交流、教育の普及を行い、もって社会に貢献すること」を目的として、日本NPO学会が設立されました。
学会の主な事業
出版など
・『ノンプロフィット・レビュー』2001年6月創刊。
・ ディスカッションペーパー発行
日本NPO学会賞
日本を中心に活動する研究者および実践家の行うNPO・NGO・ボランティアなどに関する研究および実践報告、および海外の研究者および実践家が行う日本のNPO・NGO・ボランティアなどに関する研究および実践報告のうち、特に優れたものに対して「日本NPO学会賞」を授与し、一層の研鑚を奨励することを目的として、林雄二郎初代会長の寄付を基に、2002年度に創設されました。
・林雄二郎賞／優秀賞／奨励賞／特別賞／大会優秀発表賞
セミナー
軽井沢セミナー（1999年-2001年）、信州合宿セミナー（2003年）、信州合宿セミナー（2011年）、NPO夏の北海道セミナー（2006年-2008年、2016年）、夏の瀬戸内セミナー（2017年）、震災特別フォーラム（2011年9月、2012年3月、9月、2013年3月、9月）など
国際交流
ARNOVA（アメリカ非営利組織学会）、韓国NPO学会、韓国NGO学会、ISTR（国際非営利組織研究学会）などと、学会役員の相互派遣、研究発表などにより交流
年次大会
1999年3月 第1回年次大会（東京：慶応義塾大学）
2000年3月 第2回年次大会（大阪：大阪大学）
2001年3月 第3回年次大会（京都：京都キャンパスプラザ他）
2002年3月 第4回年次大会（東京：明治大学）
2003年3月 第5回年次大会（奈良県：帝塚山大学）
2004年3月 第6回年次大会（神奈川県：横浜市開港記念会館）
2005年3月 第7回年次大会（兵庫県：関西学院大学）
2006年6月3-4日 第8回年次大会（新潟県：朱鷺メッセ）
2007年3月17-18日 第9回年次大会（大阪府：大阪商業大学）
2008年3月14-15日 第10回年次大会（東京都：中央大学）
2009年3月21-22日 第11回年次大会（愛知県：名古屋大学）
2010年3月12-14日 第12回年次大会（京都府：立命館大学）
2011年3月19-20日 第13回年次大会（東京都：日本大学）
2012年3月17-18日 第14回年次大会（広島県：広島市立大学）
2013年3月16-17日 第15回年次大会（東京都：東洋大学）
2014年3月15-16日 第16回年次大会（大阪府：関西大学）
2015年3月14-15日 第17回年次大会（東京都：武蔵大学）
2016年3月5-6日 第18回年次大会（京都府：同志社大学）
2017年5月13-14日 第19回年次大会（東京都：東京学芸大学）
2018年6月9-10日 第20回年次大会（東京都：立教大学）
2019年6月1-2日 第21回年次大会（滋賀県：龍谷大学）
2020年11月21-22日 第22回年次大会（駒澤大学：オンライン開催）
2021年6月19-20日 第23回研究大会（東北大学：オンライン開催）
2022年6月12-13日 第24回研究大会（武蔵大学：オンライン開催）
2022年6月10-11日 第25回研究大会（京都府：京都産業大学）
2024年6月15-16日 第26回研究大会（群馬県：高崎経済大学）